Pozna jesen je najboljši čas za apnenje substrata. Na drevesih običajno ni listja, zato zmanjšamo tveganje poškodb rastlin s kalcijevim gnojilom, ki bi jih lahko opeklo.Substrat začnemo apneti v brezvetrju.Če je pH na vrtu zelo nizek, lahko uporabimo apno v obliki oksida.
Deluje hitro, a precej agresivno, zato je bolj varna uporaba karbonatnega apna, ki je, čeprav ne razkisa prsti tako hitro, bolj varno za uporabo, saj se kalcij sprošča dolgo časa. Omeniti velja, da so nenadne spremembe pH škodljive tako za rastline kot za mikroorganizme.
Veliko boljša praksa je, da se razkisanje substrata porazdeli skozi časNamesto gnojenja z velikimi odmerki apna vsakih nekaj let je varnejše gnojenje z apno vsaki dve leti, vendar v manjših odmerkih.